Οι ανασκαφικές εργασίες στη θέση άρχισαν το καλοκαίρι του 1992 και ολοκληρώθηκαν το καλοκαίρι του 1999. Κατά τις περιόδους του καλοκαιριού του 1996, του χειμώνα του 1998 και των καλοκαιριού των ετών 2000 και 2001 η επιστημονική ομάδα ασχολήθηκε κυρίως με την καταγραφή και μελέτη του υλικού, ενώ παράλληλα διενεργήθηκαν εργασίες συντήρησης των αρχαιολογικών καταλοίπων.

Ο στόχος αυτού του ανασκαφικού προγράμματος υπήρξε εξ αρχής διττός: ερευνητικός και εκπαιδευτικός. Κατά τη διάρκεια της ανασκαφής εκπαιδεύτηκε στην ανασκαφική πρακτική, καθώς και στη μελέτη του υλικού, μεγάλος αριθμός φοιτητών του Τμήματος Ιστορίας και Αρχαιολογίας του Πανεπιστημίου Αθηνών. Κατ’ έτος συμμετείχαν στην ανασκαφή συνήθως 20-25 φοιτητές.

Το Μέρος Α’ αυτής της δημοσίευσης με τίτλο «Η ανασκαφή του Νεολιθικού Οικισμού Καντού-Κουφόβουνο στην Κύπρο: Στρωματογραφία και Αρχιτεκτονική» αποτελείται από δυο τόμους. Ο πρώτος τόμος περιλαμβάνει το κείμενο, το οποίο υποδιαιρείται σε επτά κεφάλαια και τον επίλογο, καθώς και το παράρτημα με τον κατάλογο των Ανασκαφικών Μονάδων. Ο δεύτερος τόμος περιλαμβάνει το εικονογραφικό υλικό. Πρόκειται να ακολουθήσει και το Μέρος Β’ το οποίο θα περιλαμβάνει το σύνολο των κινητών ευρημάτων. Η διαδικασία συγγραφής για τη δημοσίευση του Μέρους Β΄ βρίσκεται σε εξέλιξη.