Τα αρχαιολογικά ευρήματα επιβεβαιώνουν τη διαρκή και αδιάκοπη παρουσία της Σάμης σε όλες τις περιόδους της Αρχαίας Εποχής και το σημαντικό της ρόλο στην ευρύτερη περιοχή. Μαρτυρούν, παράλληλα ότι πρόκειται για μια πόλη επάνω σε προγενέστερες πόλεις.