Ο Απόστολος Μιχαηλίδης σπούδασε στο Τμήμα Θεολογίας του Αριστοτελείου Πανεπιστημίου Θεσσαλονίκης (1983-1987). Συνέχισε τις μεταπτυχιακές του σπουδές (1990-1993) στο Τμήμα Φιλοσοφίας και Θρησκείας του Banaras Hindu University (Βαρανάσι, Ινδία), απ’όπου έλαβε μεταπτυχιακό τίτλο ειδίκευσης (M.A. in Indian Philosophy and Religion). To 2005 αναγορεύθηκε αριστούχος διδάκτωρ του Τμήματος Θεολογίας του Εθνικού και Καποδιστριακού Πανεπιστημίου Αθηνών.

Στο διάστημα 1995-2020 υπηρέτησε στη Μέση Εκπαίδευση, ενώ παράλληλα δίδαξε και σε διάφορα πανεπιστημιακά Τμήματα είτε σε προπτυχιακό είτε σε μεταπτυχιακό επίπεδο. Από τον Οκτώβριο του 2020 υπηρέτησε ως μέλος Εργαστηριακού Διδακτικού Προσωπικού (Ε.Δ.Ι.Π.) στο Τμήμα Κοινωνικής Θεολογίας και Θρησκειολογίας του Ε.Κ.Π.Α., διδάσκοντας μαθήματα θρησκειολογικού περιεχομένου. Από τον Αύγουστο του 2023 ανέλαβε καθήκοντα Επίκουρου Καθηγητή στο ίδιο Τμήμα με γνωστικό αντικείμενο τον Ινδουισμό.

Δεκάδες άρθρα του, είτε ελληνόγλωσσα είτε ξενόγλωσσα, έχουν δημοσιευθεί σε περιοδικά και συλλογικούς τόμους. Από τις εκδόσεις Ινστιτούτο του Βιβλίου – Καρδαμίτσα έχουν δημοσιευθεί οι μελέτες του Η θέση της Γυναίκας στον Ινδουισμό (2006, ανατύπ. 2009) και Ινδουισμός – Καταβολές, Ιστορική πορεία, Βασικές αντιλήψεις, Λατρεία (2022).