Ο Διοσκουρίδης κατανέμει την ιατρική ύλη του σε πέντε “λόγους” - τόμους:

Στον πρώτο αναφέρει εκατόν είκοσι εννέα φάρμακα προερχόμενα από φυτά και δένδρα, στον δεύτερο εξήντα εννέα από ζώα, θαλασσινά και χερσαία, δεκατέσσερα προϊόντα ζωικής προελεύσεως και εκατόν τρία φυτά στο τρίτο βιβλίο συνεχίζεται η αναφορά σε εκατόν πενήντα οκτώ φυτά, ενώ το ίδιο συμβαίνει και στο τέταρτο με εκατόν ενενήντα δύο φυτά τέλος, στο πέμπτο βιβλίο γίνεται λόγος για εβδομήντα τρία ποτά-φάρμακα (κυρίως διάφορα είδη οίνου κ.α.) και για εξήντα εννέα ορυκτά. Στους πέντε λόγους του όλου έργου θα εύρωμε, επομένως, εξακόσια πενήντα πέντε φάρμακα φυτικής προελεύσεως, ογδόντα τρία ζωικής και εξήντα εννέα προερχόμενα από ορυκτά, κάτι που μας δίνει συνολικά τα οκτακόσια επτά φάρμακα, τα οποία και συναποτελούν την όλη φαρμακολογία του Διοσκουρίδη.

Ο φαρμακολόγος μας ακολουθεί μια συγκεκριμένη μέθοδο στην κατάταξη αυτών των φαρμάκων: τα κατατάσσει κατά είδη (μπαχαρικά, έλαια, αλοιφές, ζώα, μέλι, γάλα, χόρτα άγρια και κηπευτικά, φυτικούς καρπούς, λάδι, οίνος, ορυκτά και μέταλλα) τα κατατάσσει, επίσης, ανάλογα με την θεραπευτική τους χρήση κατά ομάδες (διουρητικά, όσα προκαλούν διάρροια, αφροδισιακά και κατασταλτικά της γενετήσιας ορμής κλπ.). Ακόμη, η παρουσίασή τους ακολουθεί ωρισμένη μέθοδο: περιγραφή, προέλευση, παρασκευή, χρήση και θεραπευτική τους ιδιότητα.

Τα μεγάλα πλεονεκτήματα του έργου είναι η κατάταξη και η πληρότητα του όλου φαρμακευτικού υλικού σε σχέση με τα συγγράμματα των προηγούμενων φαρμακολόγων. Η μεγίστη αξία του έργου ενισχύεται, κυρίως, και από το ότι είναι η τελευταία παρακαταθήκη των φαρμακολογικών σπουδών από τον Διοκλή μέχρι τον Κρατεύα και τον Sextus Niger και μας δίνει τη δυνατότητα ν' αποκτήσουμε μια γενική εικόνα των απολεσθέντων συγγραμμάτων αυτού του κλάδου και να γνωρίσουμε έτσι τα επιτεύγματα της μέχρι τότε φαρμακολογίας.