Το σπήλαιο Σαρακηνού βρίσκεται στον βραχώδη όγκο ανατολικά της πεδιάδας (αποξηραμένης πλέον λίμνης) της Κωπαΐδας και δυτικά του χωριού Ακραίφνιο, σε υψόμετρο ~100 μ. Είναι ένα από τα ελάχιστα μεγάλα σπήλαια της Κεντρικής Ελλάδας και αποτελείται από μια ενιαία και μεγάλου ύψους αίθουσα δύο στρεμμάτων, με επίσης μεγάλη σε ύψος και μήκος τοξωτή είσοδο, η οποία εξασφαλίζει φυσικό φωτισμό και προσφέρει απεριόριστη θέα προς την Κωπαΐδα, τον Ελικώνα και τον Παρνασσό.
Η αρχαιολογική ανασκαφή ξεκίνησε το 1994 (Εφορεία Σπηλαιολογίας – Παλαιο-ανθρωπολογίας) με υπεύθυνο ανασκαφέα τον καθηγητή Αδαμάντιο Σάμψων και συνεχίστηκε μέχρι το 1996, οπότε και σταμάτησε για δύο χρόνια. Κατά την διάρκεια αυτής της ανασκαφικής περιόδου ερευνήθηκαν οι Τομές Α και Γ, ενώ προχώρησε σε βάθος η Τομή Β (ανασκαφή Θ. Σπυρόπουλου, 1970). Οι ανασκαφικές εργασίες άρχισαν πάλι το 1999, με τη βοήθεια των φοιτητών του Πανεπιστημίου Αθηνών, ενώ το 2000 τέθηκαν υπό την αιγίδα του Πανεπιστημίου Αιγαίου. Αυτά τα δύο χρόνια οι τομές προχώρησαν σε βάθος, ενώ μία επέκταση της Τομής Β αποκάλυψε το βραχώδες στρώμα της Παλαιολιθικής Εποχής. Κατά τη διάρκεια του νέου κύκλου ανασκαφών που άρχισε το 2004 (και συνεχίζεται έως σήμερα) ανοίχτηκαν οι Τομές Δ, Ε, Ζ και Η, ενώ από  το 2010 ενοποιήθηκαν όλες οι Τομές σε μία μεγάλη των 300 μ2. Η ιδιαιτερότητα της ανασκαφής του Σαρακηνού οφείλεται στο ότι σε ένα εκτεταμένο ενιαίο χώρο ανασκάπτονται ταυτόχρονα εδαφικά στρώματα – στην πλειοψηφία τους αδιατάραχτα – από όλες τις αρχαιολογικές εποχές, τα οποία δίνουν πολύτιμες πληροφορίες όχι μόνο για την ανθρώπινη παρουσία και τις δραστηριότητες μέσα στο σπήλαιο, αλλά και για τις γεωλογικές και τις περιβαλλοντικές αλλαγές που συντελέστηκαν όλα αυτά τα χιλιάδες χρόνια έως και την Παλαιολιθική Εποχή.